Moderator Kolese Gonzaga dijabat oleh Seorang Pater Yesuit. Peran Moderator di dalam struktur pendidikan kolese bukanlah semata-mata Wakil Kepala Sekolah Bidang Kesiswaan, tapi terlebih sebagai sahabat dan pembimbing rohani bagi para siswa untuk membentuk dirinya menjadi manusia bagi sesama: men and women for others.
Staff Moderator Kolese Gonzaga pada tahun ajaran 2022/2023 adalah :
YB Dion Rikayakto, M.Pd.
sub Moderator Kelas XII
Johanes Saud Maruli, S.Pd.
sub Moderaor Kelas XI
Agustina Anie Puspitasari, S.S.
sub Moderator Kelas X
P. Hari Prasetyo, S.Si., M.Pd.
Pembina Senat
Michael Bobby Christian, S.Pd.
Pembina Senat
Boima Turnip
Staf Administrasi Moderator