Moderator Kolese Gonzaga dijabat oleh Seorang Pater Yesuit. Peran Moderator di dalam struktur pendidikan kolese bukanlah semata-mata Wakil Kepala Sekolah Bidang Kesiswaan, tapi terlebih sebagai sahabat dan pembimbing rohani bagi para siswa untuk membentuk dirinya menjadi manusia bagi sesama: men and women for others.
Staff Moderator Kolese Gonzaga pada tahun ajaran 2025/2026 adalah :
Pater Yulius Suroso, S.J., M.Fil.
Moderator
Frater Klemens Yuris Widya Denanta, S.J., S.Fil.
Sub Moderator
Johanes Saud Maruli, S.Pd.
Staff Moderator
Agustina Anie Puspitasari, S.S.
Staff Moderator
P. Hari Prasetyo, S.Si., M.Pd.
Pembina Senat
Hendrikus Handoko, S.Pd.
Pembina Senat
Boima Turnip, A.Md.A.B.
Staf Administrasi Moderator